Después de haber dejado de ser futbolista profesional, don Aarón Padilla se convirtió en gente de 'pantalón largo'. Y ese camino lo inició como presidente del Atlante en 1987, año en el que también ocupó el cargo de vicepresidente de los Coyotes de Neza.
Pero su trayectoria como profesional y carrera que forjaba como directivo, lo llevaron a convertirse en un hombre importante en la Federación Mexicana de Futbol, pues de inicio tuvo un cargo de una décadas, pues de 1992 al 2002 fue el presidente de la Comisión Disciplinaria.
Posteriormente en 2006 fue nombrado presidente de la Comisión de Arbitraje de la FEMEXFUT, cargo que mantuvo por ses años. Periodo en el que también fue asesor de la presidencia del máximo organismo del futbol mexicano.
Sin embargo, su mejor etapa como directivo, la vivió con el Club Universidad, el equipo de sus amores. Y es que de 2003 al 2006 tuvo el cargo de presidente del comité técnico deportivo, por lo que fue testigo y parte fundamental de los inolvidables Pumas de 2004, en el que fueron Bicampeones, ganaron el Campeón de Campeones, y el Trofeo Santiago Bernabéu.
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