Luego de dos temporadas sin títulos, considerando que durante la primera mitad de la década de los 80 el América dominó con un Tricampeonato, se marcó un periodo de transición importante en el club en distintos aspectos, siendo el cambio generacional en la plantilla uno de los más recordados.
Luis Roberto Alves ‘Zague’, Antonio Carlos Santos, así como el guardameta Adrián Chávez, llegaron al club para desplazar a figuras que hasta hoy en día tienen el sello de ‘símbolos americanistas’, pues la nueva camada respondió de inmediato con el Bicampeonato de Liga, al vencer a dos de sus más grandes rivales, Pumas (87-88) y Cruz Azul (88-89).
Sin embargo, la veteranía, más el retiro de algunos jugadores y la baja de juego de otros tantos fueron los factores que impidieron que América repitiera la gloriosa época, y con el afán de recuperar protagonismo ‘repatrió’ a Hugo Sánchez para la campaña 1992-93, aunque el ‘Penta’ no pudo brillar como lo hizo en Europa con el Real Madrid y sólo ganó una Concacaf para emigrar en la siguiente campaña.
No obstante, el comienzo de la década de los 90 es recordada por las ‘Águilas Negras’, dirigidas por Leo Beenhakker, quienes a pesar de no haber conseguido el campeonato, el holandés plasmó un estilo espectacular e inolvidable.
La base de aquel cuadro era conformada por el camerunés Francois Omam Biyik, Kalusha Bwalya, ‘Zague’, Juan Hernández y Joaquín del Olmo. La novedosa contratación de un técnico europeo de renombre funcionó y los aficionados estaban maravillados con su equipo, incluso en los 16 juegos que disputaron como local se registró una asistencia global de 839 mil espectadores, un promedio general de 52,437 seguidores por partido, superando incluso las cifras de la época dorada.
Sin embargo, inesperadamente el 6 de abril de 1995 a falta de unas jornadas para la Liguilla, la directiva anunció la destitución del timonel holandés, quedando por muchos años en duda el porqué de su despido. Ya con Emilio Ferrara y Mirko Jozic fueron eliminados en Semifinales por el Cruz Azul.