La crisis que vivió Pumas durante el Apertura 2017 como último lugar de la clasificación comienza a cobrar sus primeras víctimas y la baja de Gerardo Alcoba, quien fue transferido de forma definitiva a Santos Laguna, marca el fin de una época en el conjunto del Pedregal, ya que con la salida del zaguero uruguayo no queda ningún jugador de aquel equipo que disputó la Final del Apertura 2015 frente a Tigres en el Estadio Olímpico Universitario.
Desde la llegada de Rodrigo Ares de Parga a la presidencia del Club Universidad en 2016, los jugadores del cuadro auriazul se han ido marchando debido al proyecto ADN Puma, presentado para buscar reavivar la cantera dando oportunidad a los jóvenes, algo que caracterizó en su momento al equipo auriazul.
El primer movimiento con el que inició el desarmado del equipo que llegó a la Final en 2015 fue la venta de Ismael Sosa a Tigres durante el Régimen de Transferencias de 2016. A pesar de que el 'Chuco' manifestó su deseo por permanecer en el cuadro de la UNAM, el delantero argentino no fue escuchado por la directiva y pasó a las filas de la escuadra dirigida por Ricardo Ferretti a marchas forzadas, con el que logró el título de Liga en el Apertura 2016. Sin embargo, actualmente registra poca actividad con el conjunto de la UANL, situación que generó el rumor de un posible regreso a Pumas a manera de préstamo.
La gestión de Ares de Parga ha sido fuertemente criticada por los movimientos y cambio de generación en el equipo, y la salida de Darío Verón fue un duro golpe en la institución. El excapitán de Pumas, que había expresado la intención de terminar su carrera en el cuadro del Pedregal, jugó en México a lo largo de 14 años y consechó varios éxitos con los felinos, no obstante, no entró en los planes de Juan Francisco Palencia para encarar el Apertura 2017 y fichó con el Olimpia de Paraguay, recibiendo un pequeño homenaje por parte de la directiva auriazul en una conferencia de prensa.
Las diferencias con el Gatillero, que fue cesado como entrenador de Pumas tras la Jornada 6 del Apertura 2017, también le pasaron factura al delantero Matías Britos, quien emigró a Arabia Saudita para firmar con el Al-Hilal FC. Según declaraciones del atacante charrúa para RÉCORD, su juego no era del agrado de Palencia, situación por la que no sería tomado en cuenta para formar parte activa del equipo y él, también había manifestado su deseo por quedarse en el Club Universidad tras una mala campaña.
Por su parte, Fidel Martínez fue transferido al Atlas, Javier Cortés pasó a formar parte de Santos y Eduardo Herrera viajó a Europa para jugar con el Rangers de Escocia. Mientras que varios futbolistas encontraron acomodo en la Liga de Ascenso, tal es el caso de Marcelo Alatorre que fichó con Venados, Daniel Ludueña con la Jaiba Brava, así como Alejandro Palacios y Alejandro Castro fueron transferidos al Atlético San Luis.
