Una de las Finales más polémicas, sin duda, es la de Pachuca vs San Luis en el Clausura 2006, pues un penal al minuto 76 anotado por Richard Núñez le dio su cuarto título a los Tuzos, mientras los potosinos se quedaron sin el anhelado milagro y con las manos vacías.
El uruguayo Núñez se vistió de héroe y se ganó la amonestación al festejar quitándose la playera, pero el público por fin se liberó de la tensión en que lo tenía preso el mejor juego de los visitantes y con un cántico nunca antes visto en algún partido de los Tuzos en ese torneo, la fiesta ya no paró y continuó con el Cielito Lindo a tal grado que las porras empezaron a enfrentarse.
Por su parte, Armando Archundia se convirtió en el villano de la noche, quien había hecho un trabajo impecable, hasta que Andrés Chitiva incursionó en el área chica con balón dominado, sintió atrás la marca de Angel Reyna y se tiró un clavado, esto no fue perdonado por el público ni mucho menos por los comentaristas que dejaron atrás el cuarto campeonato de Tuzos, para darle todos los reflectores a la equivocación del silbante.
El Director Técnico José Luis Trejo Montoya se convirtió en el cuarto encargado de llevar a Pachuca por el camino de la victoria, obteniendo así su primer título en la Liga Mexicana de Futbol,una especie de cábala para los Tuzos, quienes solo se han coronado campeones con timoneles nacionales.
Este campeonato sería de acuerdo con diferentes jugadores el inicio de gloria de Pachuca, pues tan solo un año después se volvería a coronar campeón en el Clausura 2007 de la mano de Miguel Calero.
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