El Patronato cambió de manos, y Jorge Borja Navarrete tuvo que abandonar el puesto que sostuvo durante cuatro años, una presidencia donde los logros escasearon de manera importante.
La gestión del ahora expresidente del club arrancó en marzo de 2012, y a lo largo de más de 48 meses fue incapaz de guiar al conjunto del Pedregal a un título, cualquiera que este fuera.
Su peor campaña en la institución fue durante el Apertura 2013, en la que los felinos culminaron en la última posición del campeonato, situación contrastante con el pasado reciente.
Para el Apertura 2015 los Felinos lograron su mejor registro con el superliderato; sin embargo, cayeron en la Final del campeonato a manos de los Tigres de la UANL.
Con Borja Navarrete cinco entrenadores ocuparon el banquillo del primer equipo: Joaquín del Olmo, Juan Antonio Torres Servín, Mario Carrillo, José Luis Trejo, y Guillermo Vázquez, este último continúa en la institución.
Además de dicho subcampeonato, la mejor proeza de su gestión fue la clasificación a un par de certámenes internacionales: La Copa Libertadores de 2016, en la que siguen con vida, y la Concachampions 2016-2017.
Pese a ello, los títulos jamás recalaron en Pumas mientras él estuvo al mando del patronato, situación que podría ser bien aprovechada por Rodrigo Ares de Parga, quien ya asume dicho cargo.
