La polémica arbitral, tan común en esta Liguilla, apareció muy pronto en el Nemesio Díez dentro del Toluca vs Puebla, pues el árbitro Francisco Chacón no marcó un penalti en contra de los Diablos, con tan sólo tres minutos en el reloj.
Luis Gabriel Rey recibió dentro del área y Paulo da Silva llegó para cargar por la espalda, en un claro contacto ilegal, lo que debió sancionarse como penalti, pero Chacón dejó pasar la jugada.
En la Ida, Aarón Galindo también cometió un penalti sobre Flavio Santos, que no marcó el central.
