Jonathan Rodríguez anotó su primer gol con Cruz Azul en la Copa MX, en el partido contra León correspondiente a la Jornada 2 del torneo que pertenece al Clausura 2019.
El 'Cabecita' tomó el balón fuera del área y mandó un potente disparo cruzado que el arquero no pudo detener, por lo que puso el empate en el marcador del partido que se jugó en el Estadio Azteca.
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De hecho en Liga Rodríguez ha jugado en dos encuentros, teniendo un total de 98 minutos; sin embargo, no había anotado con La Máquina en lo que va de este torneo.