El Tapatío reapareció después de aproximadamente 11 años gracias a la creación de la Liga de Expansión; durante mucho tiempo, este equipo sirvió como un semillero importante para las Chivas.
El club se fundó el 2 de agosto de 1973, luego de que Enrique Ladrón de Guevara comprara una franquicia en la Tercera División; tras varios años, el equipo subió hasta la extinta Primera A.
En la década de los 80s, el Tapatío estaba la Segunda División y dentro de sus filas se encontraban jugadores como Javier ‘Zully’ Ledesma, Demetrio Madero, José Gutiérrez y Eduardo de la Torre.
A finales de 1990 y a principios de 2000, el Tapatío se encontraba en la ‘nueva’ Segunda División, que estaba conformada por dos grupos: A y B.
Durante ese tiempo surgieron jugadores como Francisco Javier Rodríguez, Jonny Magallón, Alberto Medina y Omar Bravo, quienes se convirtieron en ídolos de Chivas al ganar la Liga MX del Apertura 2006.
El Tapatío subió a la Primera A, luego de que en 2001 el entonces presidente de Chivas, Francisco Cárdenas Moreno, compró la franquicia de los Gallos de Aguascalientes.
No obstante, en 2009 la plaza del Tapatío fue vendida a la Universidad de Guadalajara para que Leones Negros pudiera pasar de la Segunda División a la Primera A.
Javier ‘Chicharito’ Hernández, Marco Fabián y Érick ‘Cubo’ Torres son tres de las últimas joyas que surgieron del Tapatío y que posteriormente se consolidaron con Chivas.
El Tapatío comenzó jugando en la cancha Anacleto Macías y después lo hizo en el Estadio Jalisco. Ahora sus partidos se realizarán en el Estadio Akron y en las instalaciones de Verde Valle.
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