Se jugaba la Copa Libertadores del 2009, y San Luis se encontraba en el Grupo 8 junto a San Lorenzo de Argentina, Libertad de Paraguay y Universitario de Perú.
El equipo argentino visitó al San Luis, quien salía como víctima ante uno de los equipos más regulares en la participación en el torneo continental.
Sorprendentemente, el conjunto mexicano logró ganar 2-0 con goles de Jesús Palacios y José Reyes, partido en el que ambos equipos se quedaron con 10.
Al final, los aztecas lograron acceder a los Octavos de Final, donde enfrentarían a Nacional de Uruguay, pero ante la epidemia de H1N1, tanto Chivas (que también participaba) como San Luis, no pudieron seguir por decisión de la Federación Mexicana de Futbol.
En ese certamen, Guadalajara compartió el Grupo 6 con Caracas de Venezuela, Everton de Chile y Lanús de Argentina. En Octavos su rival era Sao Paulo.
