Desde su regreso al futbol mexicano luego de jugar en Escocia, Carlos Peña no logró encajar de buena forma en Cruz Azul y el mediocampista estaría viviendo sus últimos momentos como jugador de La Máquina.
Sin embargo, el 'Gullit' presentó actividad con la categoría Sub 20 del combinado celeste y logró marcar su primera anotación vistiendo los colores del conjuto cementero, tanto que significó el triunfo para Cruz Azul frente a Veracruz y el boleto a la Liguilla.
La categoría inferior de La Máquina registró 24 puntos para meterse en la octava posición a la Fiesta Grande, instancia en la que enfrentarán al América que finalizó la Fase Regular con 44 unidades.
Durante el Clausura 2018, Carlos Peña disputó ocho partidos de los cuales en dos ocasiones fue titular, no obstante de dichos partidos nunca jugó los 90 minutos.