Rafael Puente del Río salió Campeón del Ascenso MX ganando el boleto a la Primera División de México con los Lobos BUAP, equipo que tomó cuando se encontraban en un mal momento.
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Fue en el Apertura 2016 cuando Rafa Puente Jr, llegó al banquillo de la BUAP cuando el equipo pasaba por un momento difícil en el campo y en la Jornada 13 tuvo su debut con un 5-1 que le propino Venados de Mérida. Fue hasta la Jornada 16 que ganó su primer encuentro con un 2-1 sobre Tapachula. Ese torneo Lobos terminó en el lugar 15 de la tabla.
El Clausura 2017 fue mejor para el también exfutbolista ya que logró colarse a la Liguilla en el lugar 6 de la tabla general al acumular 27 puntos. Ya en los Cuartos de Final venció a Alebrijes de Oaxaca, ganando su pase a Semifianles en donde derrotaron con goliza a Mineros de Zacatecas. En la Final FC Juárez no pudo con el equipo de Puente Jr. y así se coronó en el Ascenso.
Dorados fue el equipo con quien se jugó el lugar en Primera División de Jaguares de Chiapas dejó vacante y con un contundente 3-2 global, Lobos BUAP consiguió su puesto en la Liga MX y Rafa su primer título como estratega.
