Rafael Puente del Río salió Campeón del Ascenso MX ganando el boleto a la Primera División de México con los Lobos BUAP, equipo que tomó cuando se encontraban en un mal momento.
Fue en el Apertura 2016 cuando Rafa Puente Jr, llegó al banquillo de la BUAP cuando el equipo pasaba por un momento difícil en el campo y en la Jornada 13 tuvo su debut con un 5-1 que le propino Venados de Mérida. Fue hasta la Jornada 16 que ganó su primer encuentro con un 2-1 sobre Tapachula. Ese torneo Lobos terminó en el lugar 15 de la tabla.
El Clausura 2017 fue mejor para el también exfutbolista ya que logró colarse a la Liguilla en el lugar 6 de la tabla general al acumular 27 puntos. Ya en los Cuartos de Final venció a Alebrijes de Oaxaca, ganando su pase a Semifianles en donde derrotaron con goliza a Mineros de Zacatecas. En la Final FC Juárez no pudo con el equipo de Puente Jr. y así se coronó en el Ascenso.
Dorados fue el equipo con quien se jugó el lugar en Primera División de Jaguares de Chiapas dejó vacante y con un contundente 3-2 global, Lobos BUAP consiguió su puesto en la Liga MX y Rafa su primer título como estratega.
