Tras su recaptura, Joaquín Guzmán Loera enfrentará cargos tanto en México como en Estados Unidos por diversos delitos, en los cuales podría enfrentar cadena perpetua en la unión americana.
Algunos de los delitos que enfrenta el Chapo son, Delincuencia organizada, Delitos contra la salud, Violacion a la ley federal de armas de fuego y explosivos y por el Uso de recursos de procedencia ilícita.
Guzmán también es acusado de lavado de dinero, así como narcotráfico y contrabando.
En Estados Unidos, enfrenta acusaciones por distintas causas en cortes federales de Nueva York, Texas, Nuevo México y California.