La primera polémica sorprendió a todo el mundo cuando de Julio Cesar Chávez Jr. dio positivo a furosemida tras imponerse en 2009 a Troy Rowlands en su pelea número 42. El júnior fue suspendido siete meses y pagó una multa de 10 mil dólares.
En el 2012, dos semanas antes de su pelea contra Marco Antonio Rubio, el hijo de la leyenda fue detenido en Los Angeles tras conducir licencia y en aparente estado de ebriedad.
Luego de perder el título mundial mediano del Consejo Mundial de Boxeo ante Sergio ‘Maravilla’ Martínez el 15 de septiembre del 2012, la Comisión Atlética de Nevada lo multó con 900.000 dólares y nueve meses de suspensión por consumo de mariguana previo al combate con el argentino.
En julio del 2016, Julio usó su cuenta de Twitter para denunciar que su esposa había hija, sin embargo, su padre tuvo que salir a aclarar esta situación ya que realmente se había tratado de una discusión familiar en la que la mujer se marchó y el junior tenía cinco días de no ver a su hija.
En 2017 se dio la tan esperada pelea entre JC Jr. y ‘Canelo’ Álvarez. Julio no representó realmente una amenaza sobre el cuadrilátero para el tapatío, sin embargo, la polémica vino después de filtrarse un video en donde se ve a Chávez Jr. festejando en el cuarto de su hotel en compañía de varias mujeres alrededor de él y presuntamente en estado de ebriedad.
En 2022 Julio Cesar llevó a internar en una de sus clínicas a su primogénito luego de haberlo encontrado tirado bajo los efectos de las drogas y el alcohol.
En mayo del 2023, el Júnior volvió a causar polémica luego de subir un par de videos a su Instagram en donde no se mostraba en el mejor de los estados y habló sobre que lo querían volver a internar en parte por culpa de su papá.
