En 2007, Nery Castillo se decidía por que nacionalidad acoger en su carrera futbolística, ya que podría representar a México, por haber nacido en San Luis Potosí; Uruguay, por la nacionalidad de su padre, Nery Castillo Frías y a Grecia por su larga estadía en el país helénico jugando para el Olympiacos desde fuerzas inferiores.
Sin embargo, Castillo Confalonieri se decantó por la Selección Mexicana, durante el mandato de Hugo Sánchez como director técnico.
"Tuve que hacer la gestión como directivo, no como director técnico que era el puesto que tenía, sino que esa gestión la hice con mucho cariño, sobretodo porque no quería que se escapara un jugador de tanto talento como Nery Castillo", reveló Sánchez Márquez para ESPN.
"Le pedí a Sergio Egea que me hiciera favor de apoyarme visitándolo en Grecia para que hablara con sus padres, para que viera su casa, que fuera una visita directa y personal y buscar convencerle para que jugara con la Selección Mexicana. Yo telefónicamente hablé con él muchas veces y también tuve la oportunidad de hablar con su padre y su madre", añadió el Pentapichichi.
Nery Castillo hizo su debut con el Tricolor el 2 de junio de 2007 en su natal San Luis Potosí en el juego amistoso que el combinado nacional ganó por 4-0 a su similar de Irán.
