La polémica se hizo presente en la Final, luego de que el árbitro Alfredo Peñaloza marcó un penalti inexistente al minuto 14' por una supuesta falta sobre Rafael Sobis.
El encargado de cobrar la supuesta infracción cometida por Javier Cortés fue Gignac, quien superó a Alejandro Palacios desde los once pasos.