Luego Götze pasó al Bayern, equipo con el que fue tres veces campeón alemán y dos veces ganador de la Copa de Alemania, pese a lo cual su carrera empezó a perder brillo en buena parte por varias rachas de lesiones.

En 2016 volvió al Dortmund donde no tuvo éxito en la segunda etapa y se vio afectado por una enfermedad metabólica.

En 2020 se marchó a Eindhoven donde recuperó algo de su antiguo nivel.

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